Moleküler biyolojinin henüz biyolojide günümüzdeki kadar öne çıkmadığı dönemlerde bakteriler veya genel olarak canlılar fenotipik veya kemotaksonomik olarak sınıflandırılmışlardır. Bu sınıflandırmalar da kendi içerisinde doğru taksonomik sonuçlara ulaşsa da genetik biliminin gelişimi ile birlikte canlılar ve dolayısıyla bakteriler genetik yapılarındaki değişmeyen ifadelere göre sınıflandırılmaya başlandığı için günümüzde en güvenilir analizler genotipik sınıflandırmada karşımıza çıkmaktadır. Bu sınıflandırma da genetik yapı analizini temel almaktadır.