Plazmid profil analizi ile bakterinin kaç tane ve hangi büyüklükte plazmit içerdiği saptanırve diğer bakteri izolarları ile karşılatırılır

Nükleotid dizileme ile mutasyonlar saptanabilir

RFLP restriksiyon endonükleazlar ile  bakterilerin genetik yakınlıklarının saptanması için uygulanır

Pulsed fielde sadece genetik materyalin bir kısmı ile çalışılırken RFLP de tüm DNA ile çalışılır

PCR tekniği çok az miktardaki DNA ve RNA molekülünün enzimatik olarak çok fazla miktara getirilmesidir