Prokaryotik hücreler ile ökaryotik hücreler arasındaki temel farklar şunlardır; prokaryotik hücrelerde genellikle sirküler tek kromozom, plasmid (yaygın), mesosom, hücre duvarında peptidoglikan ve 70S karakterinde ribozom bulunmakta, nükleer membran, nukleolus, kromozomda histon, kloroplast, mitokondria, golgi aparatı ve endoplazmik retikulum bulunmamaktadır. Ökaryotik hücrelerde ise birden fazla lineer kromozom, plasmid (nadir), nuklear membran, nukleolus, kromozomda histon, kloroplast, mitokondria, golgi aparatı, endoplazmik retikulum ve 80S karakterinde ribozom bulunmakta, mesosom, hücre duvarında peptidoglikan bulunmamaktadır. Dolayısıyla I, II ve III numaralı seçenekler sadece prokaryotlarda bulunmaktadır.