Plazmid profil analizi için önce incelenecek bakteriler lize edilir, daha sonra özel bazı yöntemlerle izole edilen plasmid DNA’ları elektroforez denen bir yöntemle ayrılır. Daha sonra elektroforez işleminin uygulandığı jel boyanır ve ultraviyole ışık altında incelenir. Böylece bakterilerin plazmid profili çıkarılmış olur.