Patojen bakteriler hayvanlarda ve/ya da insanlarda hastalık oluşturabilme yeteneğine sahip bakterilerdir. Virulent bakteriler, vücuda az miktarda girseler bile hastalık oluşturabilen virulensi yüksek bakterilerdir. Apatojen bakteriler hayvan ve insan vücudunda hastalık oluşturmaksızın bulunan ve normal florayı oluşturan bakterilerdir. Opportunist bakteriler, konakçı direncinin bozulduğu durumlarda hastalığa sebep olabilen apatojen bakterilerdir. Bazı bakteriler kanda ürerken bazıları konakçının değişik doku ve hücrelerinde ürerler. Bu tip bakteriler “intraselüler bakteriler”olarak isimlendirilirler ve makrofaj, nötrofil gibi vücut savunmasında görevli olan hücreler içinde de üreyerek vücuda bu hücreler içinde yayılabilirler.