Nükleotid dizileme DNA tiplendirmesi veya genotiplendirme açısından en temel metottur. Nükleotid dizileme biraz zaman alıcı bir yöntem olmasına rağmen, DNA içindeki araştırılan genin tam dizi yapısı, mutasyon analizi yapılabilir. Aynı DNA bölgesi veya bölgeleri karşılaştırılarak bakteriler veya aynı bakterinin farklı izolatlarının birbirine genetik yakınlıkları saptanır.