Makrofaj aktivasyonu hücre içi bakterilerin tahribini sağlayan en önemli mekanizmadır. Komplement etkisine ve fagositoza direnç gösterme ve immunglobulin tahribi bakterilerin immun yanıttan kurtulma yollarından bazılarıdır. Viruslar immun sistemin çeşitli organ ve hücrelerinin fonksiyonunu bozarak immun baskılama yoluyla veya antijenik yapılarını değiştirerek immun yanıttan kurtulabilirler.