Kimyasal yapılarına göre başlıca temel antijen grupları, proteinler, karbonhidratlar, lipidler ve nükleik asitlerdir. Bu kimyasal gruplar tek başlarına bulunabildikleri gibi, diğer gruplarla bir araya gelerek glikoprotein, lipoprotein, nükleoprotein ve glikolipid moleküllerini oluşturabilirler.