Bakteri ekzotoksinleri ve endotoksinlerinin vücutta meydana getirdikleri harabiyet ekzotoksijenik ve endotoksijenik olmak üzere iki mekanizma ile açıklanabilir. Endotoksinler değil, bazı ekzotoksinler yemlere bulaşmış olan bakteri tarafından üretilir ve sindirim yoluyla vücuda alınırlar. Bu bir çeşit gıda zehirlenmesidir.Endotoksinerjik mekanizmayla ateş, hipotansiyon, lökopeni, hipoglisemi, beyin, kalp ve böbrek yetmezlikleri meydana gelir. Bazı ekzotoksinler vücut yaralarında ya da abselerinde üreyen bakteriler tarafından sentezlenir ve buradan vücuda yayılarak etkisini gösterir. Gazlı gangren hastalığının etkeni Clostridium perfringens bu şekilde etki gösterir. Tetanoz hastalığına neden olan Clostridium tetani’ nin ürettiği tetanospazmin denilen ekzotoksin de yaralardan vücuda sinirler yoluyla yayılır ve sinir blokajı sonucu felçler oluşturur.