İsimlendirme organizmalara belirlenmiş kurallara uygun olarak isim verme işlemidir. Bakteriler binomial sisteme göre isimlendirilmektedir. Bakterilerin bilimsel isimleri genellikle iki kelimeden oluşmaktadır. İlk kelime cins (genus) ismini gösterir ve ilk harfi büyük olarak yazılır. İkinci kelime ise, tür (species) ismi olup küçük harfler ile yazılır. Örn; Bacillus anthracis. Bazı bakterilerin alt türleri bulunabilmekte ve bu bakterilerin alt türleri de Örn; Campylobacter fetus subsp. veneralis şeklinde isimlendirilir.