Ağızdan başlamak üzere bağırsakların sonuna kadar tüm sindirim kanalında çeşitli nonspesifik antimikrobiyal maddeler bulunur. Bunlardan en önemli olan lizozim enzimi tükürükte ve bağırsak salgısında bulunur. Lizozim, özellikle Gram pozitif bakterileri ve bazı virusları nonspesifik olarak öldürür. Bağırsak ve tükürük salgısında bulunan laktoperoksidaz sistemi birçok bakteri üzerinde toksik etki gösterir. Bağırsak salgısında bulunan laktoferrin, bakterilerin üremesi için gerekli serbest demiri bağlayarak etkili olur. Mukoz membranların yüzeyini kaplayan mukus tabakası diğer fonksiyonlar yanında, mikroorganizmalara karşı savunmada da önemli bir role sahiptir. Mukus, kıvam olarak çok yoğun bir maddedir; mikroorganizmalar mukus tabakasını geçerek epitel hücrelerine kolayca ulaşamaz.