Hayvanlarda çok önemli hastalıklara neden olan Bacillus anthracis, Brucella abortus, Brucella melitensis, Mycobacterium bovis, Yersinia pestis gibi bakteriler patojen bakterilere örnek olarak verilebilir. Ancak normal flora içinde bulunan apatojen bakterilerden bazıları konakçı direncinin bozulduğu durumlarda hastalığa sebep olabilir, bunlara da “fırsatçı patojen bakteriler”, “fakültatif patojenler” ya da “opportunist bakteriler” denir. Proteus vulgaris, Klebsiella pneumoniae ve Pasteurella türleri fırsatçı patojen bakterilerdir. Böyle bakteriler, konakçı direnci güçlü olan sağlıklı bireylerde kesinlikle hastalık oluşturmazlar.