Endotoksinler sadece Gram negatif bakterilerde bulunurken ekzotoksinler hem Gram negative hem de Gram pozitif bakterilerden sentezlenirler. Ekzotoksinler protein yapıda, endotoksinler liposakkarit yapıdadır. Endotoksinler konakçıda ateş oluştururken ekzotoksinlerin ateş oluşturması çok nadirdir. Ekzotoksinler spesifik reseptörlere bağlanırken endotoksinlerin spesifik reseptörleri bulunmamaktadır. Ekzotoksinler yüksek derecede toksik özelliktedir.Endotoksinlerin toksik özelliği ise orta derecededir.