PCR’ın değişik kullanım alanları olan tipleri bulunmaktadır. “Nested PCR”, bir
PCR ürününün hedef DNA olarak kullanımıyla başka bir PCR uygulanması demektir. Multipleks PCR, birden fazla hedef DNA’nın birden fazla primer çifti kullanımı ile aynı anda çoğaltılması için yapılan PCR işlemidir. Kompetetif PCR bir çift primer ile hedef DNA ve başka bir DNA’ ın amplifikasyon için yarıştırılmasıdır.