Nükleik asitleri temel alan teknikler, patojenik organizmalardaki genotipik farklılıkları ortaya çıkarmada oldukça yararlıdır. Bu teknikler çok spesifiktir ve fenotipik özelikleri temel alan tekniklerden daha kesin sonuçlar verir. Polymerase chain reaction (PCR) ve mitokondrial DNA’nın restriction fragment length polymorphism (RFLP) analizi bu tekniklere örnek verilebilir.