Bakterilerin sınıflandırılması fenotipik, kemotaksonomik ve genotipik sınıflandırma tarzında olmaktadır. Fenotipik sınıflandırma bakterinin morfolojik, fizyolojik, kültürel, biyokimyasal, serolojik vs. özelliklerini; kemotaksonomik sınıflandırma bakterilerin kimyasal yapılarının analizini; genotipik sınıflandırma ise bakterinin genetik yapısının analizini temel alan sınıflandırmadır. Dolayısıyla I, II ve III numaralı seçenekler fenotipik sınıflandırma kapsamındadır.