MHC molekülleri, hücre içinde işlenen antijenleri hücre yüzeyinde lenfositlere sunan polipeptid yapılardır. Bunların polipeptid içerikleri bireyler arasında çok çeşitlilik gösterdiği için, bir bireyin MHC molekülü diğerine verildiğinde antijenik etki yapar ve organ nakillerinde redde neden olurlar. Bu nedenle MHC antijenleri veya tranplantasyon antijenleri olarak da adlandırılırlar. Bu molekülleri kodlayan MHC genleri, antijen işleme ve sunma olaylarını kontrol ederler. Bu yüzden MHC, infeksiyöz veya immunite ile ilişkili hastalıklara direnci veya duyarlılığı belirleyen en önemli genetik faktördür. Bağışıklıkla ilişkili iki tip MHC molekülü vardır.