Amiloidlerin ışık mikroskopisi ile incelenmesinde kullanılır. Kongo Kırmızısı, çözeltilerde kümeleşmeye yatkındır. Boyanın molekülleri arasındaki hidrofobik etkileşimler ? (pi) kümeleşmesine (bir tür kovalent bağ) neden olur. Bu kümeleşme derişik, yüksek tuzlu ve/veya düşük pH’lı Kongo kırmızısı çözeltilerinde daha çok görülür.