İn situ PCR yönteminde aranılan DNA veya mRNA’nın PCR’ın temel prensiplerinden hareketle doku veya hücre kültüründe hücre yapısının korunarak çoğaltılması ve oluşan ürünlerin görünülür bir hale getirilmesini kapsar. Parafinde bloklanmış dokular direkt bu yönteme uyarlanmıştır. Dokunun yapısının bozulmaması, aranılan nükleik asit sekansının in situ olarak çoğaltılması, ultrastruktürel boyutta da uygulanarak incelenmesi yönünden avantajlar taşır.