Bakteriler, çok sayıda patojen olmayan tür içermeleri, diğer mikroorganizmalar tarafından metabolize edilemeyen çeşitli substratları karbon ve enerji kaynağı olarak kullanmaları ve süratle çoğalmaları bakımından bir takım üstünlüklere sahiptirler. Patojen olmayan bazı türlerde protein oranı %80’in üzerine çıkabilir. Örneğin Lactobacillus fermentans %87 oranında protein içerir. Bakteriler yeterli miktarda protein kapsamalarına karşın metabolizmayı olumsuz yönde etkileyen yüksek oranda nükleik asit de içerirler ve fermentasyon sonunda proteinin ortamdan ayrılmasında güçlüklerle karşılaşılır.