Hastane Bilgi Sistemi'nin öncelikli ve en büyük amacı maliyet etkili bir hastane ve hasta bakım kalitesinin iyileştirilmesi olmalıdır. Aynı zamanda HBS karar alma süreci, kullanıcı güvenini ve sağlık profesyonellerinin adanmışlıklarını destekleyen (birbirini tamamlayan) bütün bir yapı sunmalıdır.