DHMİ haricinde bir kurum tarafından işletilen, tarifeli ve tarifesiz iç hat, dış hat trafiğe hizmet veren diğer bir havalimanı da, Eskişehir’deki Anadolu Üniversitesi havalimanıdır. Öncelikle, Anadolu Üniversitesi, Havacılık ve Uzay Bilimleri Fakültesi, Pilotaj Bölümünün uçuş eğitimleri amacıyla 1989 yılında hizmete girmiştir. Havalimanı Anadolu Üniversitesi tarafından işletilmektedir ve dünyada bir üniversite tarafından işletilen yegâne uluslararası hava trafiğine açık havalimanıdır.