Lâikliğin ikinci ana unsuru olan din ve devlet işlerinin ayrılığı, din kurumlarının devlet fonksiyonlarını, devlet kurumlarının da dinî fonksiyonları ifa edemeyeceği ve din kurumları ile devlet kurumlarının birbirinden ayrı olduğu anlamına gelir. Başka bir ifadeyle laik devlette, “dine bağlı devlet” ve “devlete bağlı din” uygulaması kabul edilmez. Din ve devlet kurumlarının ayrılığını öngören bir sistemde, dinî fonksiyonların yönetimi ve yürütülmesi her dinin kendi mensuplarına, yani cemaatlere bırakılır. Buna karşılık bu cemaatler de devlet yönetimine katılmazlar. Ancak Anayasa dinî bir kurum olan Diyanet İşleri Başkanlığını bir devlet kurumu olarak öngörmüştür. Lâik devletin siyasi ve hukuki düzeninin herhangi bir dinin kurallarına dayanması zorunlu değildir.