İstanbul’a gelişinde devlet erkânı tarafından çok iyi karşılanan Cemâleddin Afgânî’nin konuşmaları ve ortaya attığı fikirleri bazı resmî ulemayı rahatsız etti. Bu rahatsızlık görüşlerinden çok Afgânî’ye gösterilen ilgi dolayısı ile idi. Özellikle Şeyhulİslâm Hasan Fehmi Efendi ve diğer bazıları Afgânî’nin Daru’l-Fünûn’da verdiği konferanslarındaki bazı görüşlerini bağlamını kopararak Afgânî aleyhine deliller haline getirerek saraya jurnallediler. Afgânî’nin “Peygamberlik bir sanattır.” sözü üzerine Afgânî aleyhine kampanyalarını genişlettiler. Afgânî derin, tutarlı ve kuşatıcı düşünce olmadan var olmanın mümkün olmadığını çevresine sürekli izah ediyordu. Görüşleri başta Muhammed Abduh, Reşîd Rızâ ve mazlum milletlerin haklarını savunan her aydın üzerinde etki bıraktı.