Meşîhat hiyerarşisinin tepesinde şeyhülislam ve yardımcısı müsteşar bulunuyorken, mektubi ve muhasebe kalemi, meclis-i tedkikat-ı şer’iye, meclis-i intihabat-ı hükkam’ül-şer', meclis-i mesalih-i talebe, meclis-i imtihan-ı kur’a, meclis-i meşayih, meclis-i idare-i emval-i eytam kurumun diğer birimlerini oluşturmaktaydı.