II. Menderes Dönemi’nin en önemli siyasi gelişmelerinden biri daha sonra Yassıada mahkemelerinde de Menderes’in önüne getirilecek olan 6-7 Eylül Olaylarıdır. Londra’da Kıbrıs müzakerelerinin ikinci turunun beslediği gerginlikle 6 Eylül 1955’te Atatürk’ün Selanik’te doğduğu evin bombalandığına dair haberler üzerine galeyana gelen bir grup, İstanbul’daki Rumların çoğunlukta yaşadığı Taksim ve Balat’taki ev ve iş yerlerini yağmalamıştı. Gayrimüslimlerin mezarlık ve ibadethanelerini tahrip edenler 73 kilise, 8 ayazma, 2 manastır, 1 sinagog, 26 okul, 110 otel ve lokanta, 21 fabrika, 4.340 dükkan ve 3.600 meskene saldırdılar. Resmi rakamlara göre olaylar sırasında biri papaz olmak üzere on bir kişi hayatını kaybedip otuz kişi de yaralandı; altmış kadın da kendilerine tecavüz edildiği iddiasıyla şikayette bulundu. Bu esnada Sapanca’da bulunan Menderes, saldırıların kontrolden çıkmasıyla İstanbul’a çağrılması üzerine şehirde sıkıyönetim ilan etti. Olaylarla ilgili tutuklanan kişi sayısı kısa sürede 5.104’e yükseldi. Dönemin Menderes iktidarı, yağma nedeniyle zarara uğradıklarını tescil ettirebilenlere altmış milyon TL tazminat ödemeyi kabul etti.