Ahmet Mithat Efendi, bilim konusunda da çeşitli görüşler ortaya koymuştur. Ona göre, fenlerde yeterince bilgi sahibi olunamadığından, ilim ile fen arasındaki fark üzerinde durulmamıştır. Bunun örneği olarak, ilm-i hisap ile fenn-i hisabın ve ilm-i tarih ile fenn-i tarih terimlerinin birbirlerinin yerine kullanılmasını göstermiştir.