Felsefenin yöntem olarak kullanılması, mantık bağlamında gerçekleşmiştir. Başlangıçta mantık, dinsizliğin araçlarından biri olarak görülürken, sonraları, ilimlerin her birinde mantık temel disiplin olarak kullanılmaya başlanmıştır. İnanç değerleri çerçevesinde şüpheyi dışarıda bırakırken, Hadisler derlenip düzenlenmesinde şüphe sonuna kadar kullanılmıştır. Hadis ilmi, teknik açıdan şüpheci, eleştirel bir tutumu açıkça teşvik etmiştir.