Vakıflar Genel Müdürlüğü tarafından, 1942 yılından sonra türbenin daha evvelce örülerek kapatılmış kapısı ile camiye bakan hacet penceresi açılarak, türbenin cami ve şifahane ile bağlantısı sağlanmıştır.

Maarif Vekaleti 1949’da şifahanenin onarımına başlamışsa da bu onarımı tamamlayamamıştır. 1959’da Vakıflar Genel Müdürlüğü tarafından kuzey, doğu ve güney cephelerinin önü binayı rutubetten korumak amacıyla hafriyat yapılarak açılmış, doğu cephesinin önüne bir istinat duvarı inşa edilmiştir. 1962’de caminin evvelce taş kılıflara alınan payelerinin kılıfları sökülmüş, çürüyen kemer ve tonoz taşları yenilenmiş, dışa doğru eğilen batı portali betonarme bir hatılla sağlama alınmış, cami ve şifahanenin damı 1964-1965’de taş, 1967’de saç kaplanmıştır. 1971’de şifahanenin batısındaki toprak zeminin önüne ve doğu cephe duvarına paralel birer istinat duvarı, doğu cephesinin önüne ayrıca, kolonlara oturan üstü taş kaplamalı betonarme platform yapılmış ve buraya çıkılabilmesi için binanın kuzeydoğu ve güneydoğu köşelerine betonarme merdivenler kurulmuştur.