Boru hattı taşımacılığının bu önemli avantajlarının yanı sıra bazı dezavantajları da vardır. Bunlardan bazılarını şu şekilde sıralayabiliriz:
• İlk kuruluşta büyük yatırımlar gerektiren bir taşımacılık türüdür.
• Dünya genelinde taşımacılık şirketleri ABD dışında monopol bir yapıdadır.
Başka bir deyişle, boru hattı taşımacılığı pazarında, dünyada hemen hemen
hiç rekabetin olmadığı söylenebilir. Bu durum fiyatları yukarı çekebilir.
• Sadece yük taşımacılığında kullanılabilen, taşınacak yüklerin çeşit olarak
sınırlı olduğu tek yönlü bir trafik akışı vardır.
• Büyük miktarlarda arz ve talep gerektirir.