Dolaylı maliyetler yukarıda da bahsedildiği gibi taşıma operasyonu ile doğrudan ilişkili olmayan maliyetlerdir. Dolayısıyla taşıma faaliyeti fiilen gerçekleştirilsin ya da gerçekleştirilmesin taşıma işletmesi bu maliyetlere katlanmak zorunda kalmakta, bu nedenle bu maliyetlerini indirgeme yöntemi kullanarak toplam ve birim maliyetlere yansıtmaktadır.Dolaylı maliyetler kurulum ve işletim maliyetlerinden oluşmaktadır. Kurulum maliyetleri uzun dönemli maliyetler iken işletim maliyetleri nispeten daha kısa vadeli (aylık, yıllık) maliyetleri içermektedir.