Devletlerin davranışlarını yapısal nedenlere dayandırması, devlet adamları ve karar vericilerle ilgilenmemesi, rasyonel davranışın sistemin kuralları doğrultusunda hareket etmek olduğu, tüm devletlerin aynı şekilde davranacağını varsayarak irrasyonel unsurları ya da öznel koşulları yadsıması, ülkelerin farklı siyasal koşullara sahip olduğu gerçeğini gözardı etmesi nedenleriyle de Uluslararası Sistem Teorisi eleştirilmektedir.