Lisans anlaşmalarının birçok avantajının yanı sıra hem lisansı alan hem de veren firma açısından dezavantajları da bulunmaktadır. Bu dezavantajlar şu şekilde gösterilebilir (Keegan ve Green 2011; Altınbaşak vd., 2008; Öztürk, 2006; Karafakioğlu, 2008):
• Uluslararası pazarlara sınırlı bir katılım biçimidir.
• Pazarlama ve üretim lisansör’ün kontrolü altında değildir.
• İşletmenin teknolojisini veya know-how’ını başka işletmelere vermesinin yarattığı bazı riskler olabilir.
• Lisans anlaşmasının sınırları doğru bir şekilde oluşturulamazsa firma kendisine potansiyel rakipler yaratabilir.
• Getirisi çok fazla olmayabilir. İsim hakkı (royalty) oranları genellikle firmanın önceki lisans anlaşmaları, sektördeki uygulamalar, rekabet ve bazen de girilen ülke hükümetleri tarafından sınırlandırılır. İsim hakkı (royalty) oranları çok nadiren %5’i geçer (Öztürk, 2006).
• Eğer lisans alan firmanın satış hacmi belirli bir düzeye erişmez ise lisans veren firmaya onu tatmin edecek bir para transfer edilemez (Karafakioğlu, 2008).
• Lisans alan firma pazarlama konusunda yeterli bir çaba göstermiyorsa hedef alınan dış pazara arzu edilen düzeyde girilemeyecektir.
• Lisans alan firmanın yapacağı bir yanlış lisans veren firmanın imajını da olumsuz yönde etkileyebilecektir.