Gümrük vergisi uyuşmazlığının ortaya çıkabilmesi için, mükellefin vergisel yükümlülüklerini zamanında yerine getirmesi gerekir.

Gümrük uyuşmazlıkları eşya gümrük denetimine girmeden ortaya çıkmaktadır.

Gerek ithalat ve ihracat işlemleri sırasında gümrük idaresince yapılan denetimlerde, gerek ithalat sonrasında yapılan sonradan kontrol denetimleri veya idarece yapılan ertelenmiş kontrollerde para cezası verilebilir.

Muafiyet hükümlerine uyulması mükellefler ile gümrük idaresi arasında ihtilafa düşülen konulardan biridir. 

Faturalardaki iskontolar gümrük idaresi ile mükellef arasında ihtilaf doğurmaz.