Çifte vergilendirmeyi önleme anlaşmalarının da akit devletler tarafından farklı yorumlanması ve uygulanması veya anlaşmalarda öngörülmeyen sorunların ortaya çıkması gibi durumlarda çifte vergilendirme giderilememekte, uluslararası vergi uyuşmazlıkları ortaya çıkabilmektedir. Çok uluslu şirketlerin taraf olduğu transfer fiyatlandırması uyuşmazlıkları bu alanda en sık karşılaşılan uyuşmazlık türüdür.