Mükellefler ile gümrük idareleri arasında en çok ihtilafa konu edilen hususlar; royalti-lisans ödemeleri, transfer fiyatlandırması kapsamında fiyat düzeltmeleri, tarife farklılıkları, faturalardaki iskontolar, menşe uygulamaları, katma değer vergisi (KDV) matrahına giren unsurlarda ihtilaflar, KDV oranına ilişkin ihtilaflar, dahilde işleme rejimi hükümlerinin ihlal edilmesi, ithali lisansa, şarta, izne tabi eşyanın beyanı, belirgin şekilde farklı cinste eşya tespiti, antrepoda eksiklik/fazlalık çıkması, muafiyet hükümlerine uyulmaması, özet beyana konu eşyanın noksan veya fazla çıkması.