Uygur alfabesi, İslâmî dönem eserlerinin bazı nüshalarının yazımında da kullanılmıştır. Kutadgu Bilig’in üç nüshasından biri olan Viyana nüshası Uygur harfleri ile yazılmış
ve 1439’da Herat’ta istinsah edilmiştir. Yine Kutadgu Bilig ile aynı dönemin, yani Karahanlı döneminin eseri olan ‘Atabetü’l-Hakâyık’ın en iyi nüshası, Uygur yazısı ile ünlü hattat Zeynü’l-‘Abidin bin Sultanbaht Cürcanî tarafından 1444’te Semerkand’da istinsah edilmiştir. Bunlar dışında Mi‘rac-nâme, Tezkiretü’l-Evliyâ, Bahtiyar-nâme, Muhabbet-nâme,
Letâfet-nâme, Sîrâcü’l-Kulûb gibi eserlerin nüshaları ile 15. yy Çağatay şairlerinden Lutfî
ve Sekkakî’nin iki alfabe ile yazılmış şiirlerinin nüshaları vardır