Vergi usul hukuku bir başka sekli vergi hukuku dalı olan vergi yargılama hukuku ile çoğu kez karıştırılır. Oysa bu iki vergi hukuku alt dalı düzenleme konusu ve muhatapları açısından birbirlerinden oldukça farklıdır. Vergi yargılama hukuku vergi uyuşmazlıklarının vergi yargısı organları tarafından çözüme bağlanmasına ilişkin kurallardan oluşur. Bu farklılığa rağmen söz konusu olabilen bu karışıklığın nedenlerinden biri de 213 sayılı Vergi Usul Kanunu’ndaki düzenlemelerdir. Zira Vergi Usul Kanunu bünyesinde hem vergi usul hukukuna hem de vergi yargılama hukukuna ilişkin hükümler barındırmaktadır.