Vergi uyuşmazlıklarının bağımsız bir yargı kolu içinde çözümlenmesi gerektiği görüşü şu gerekçelere dayanmaktadır:
• Başlangıçta idare hukukundan doğan uyuşmazlıklar da adlî yargıda çözülüyordu. Daha sonraları ise, idarî uyuşmazlıkların kendine özgü teknik özelliklerinin var olduğu kabul edilmiş ve bunun için de bu uyuşmazlıkları çözüme kavuşturabilmek amacıyla, idare mahkemelerinin kurulması ve idarî yargının bağımsızlığa kavuşturulması yoluna gidilmiştir. Bu uygulama şekli birçok ülke tarafından da benimsenmiştir. Bugün ise, aynı durum vergi uyuşmazlıklarında da söz konusudur. Başka bir deyişle, vergi uyuşmazlıklarının çözümü, birçok teknik ve muhasebe bilgisine sahip olmayı gerektirmektedir. Adlî yargıda veya idare mahkemelerinde görev yapan bir hâkimin bu bilgilere sahip olması çok kolay değildir. Özellikle vergi kanunlarının iktisadî olaylara bağlı olarak sık aralıklarla değiştirilmesi, bu güçlüğü bir kat daha artırmaktadır.
• Bu düşünceye karşılık olarak, böyle bir sebeple vergi uyuşmazlıklarının çözümü için bağımsız bir yargı kolu kurulmasına gerek olmadığı; teknik bilgi eksikliklerinin bilirkişiden yararlanma yoluyla giderilebileceği ileri sürülebilir. Fakat, uyuşmazlıkların bilirkişilere bırakılması, davaların uzamasına, yargılama giderlerinin artmasına, bazen gerçeklerden sapmaya ve hâkimlerin tembelliğe alışmasına ne ,den olabilir. Bu nedenle, yargılama sürecinde bilirkişiye olabildiğince az başvurulmasına ve her davanın bilirkişisinin hâkimin kendisinin olmasına dikkat edilmelidir. Bu da ancak bağımsız bir vergi yargısının kabul edilmesiyle sağlanabilir.
• Sosyal hayatın ilerlemesiyle birlikte kamu hizmetlerinin artması, çok sayıda idarî uyuşmazlığın çıkmasına yol açmaktadır. Bir zamanlar aynı gerekçe ile idarî yargı adlî yargıdan ayrılarak bağımsız bir yargı kolu meydana getirilmiştir. Bugün aynı durum, vergi uyuşmazlıklarında da görülmektedir. Günümüzde, idarî yargıya götürülen davaların önemli bir kısmını vergi davaları oluşturmaktadır. Böyle bir durum karşısında vergi uyuşmazlıklarının çözümünün, gereğinden çok yükü olan adlî ve/ya da idarî yargıya bırakılmasının, davaların çözümünde istenilen sonucu sağlaması mümkün değildir. Bu itibarla, istenilen sonucu elde etmek için en uygun yol, bağımsız bir vergi yargısı sistemi kurmaktır.
• Bağımsız bir vergi yargısı sisteminin kurulması, vergi uyuşmazlıklarının çözümü üzerine daha fazla eğilme ve kararların daha sağlıklı ve hızlı verilmesini sağlayacaktır. Bu modelde, vergi yargısı gerek alt derece mahkemeleri gerek kendine özgü üst derece
mahkemeleri ile ayrı bir yargı kolunu oluşturmaktadır. Almanya’da bağımsız vergi yargısı modeli benimsenmektedir. Vergi uyuşmazlıkları bağımsız olarak örgütlenmiş vergi yargısı organları tarafından çözümlenmektedir.