Maniheist metinlerin yazımında hem Mani hem de Uygur alfabesi kullanılmıştır. Öte yandan Uygur alfabesinin kullanımı daha sonraki yüzyıllarda yaygınlaşmış, bununla birlikte Mani alfabesi de unutulmamış, Pothi gibi geç Maniheist metinlerin yazımında dahi kullanılmaya devam etmiştir. Budist metinlere göre daha güzel ve itinalı yazılıp minyatürlerle süslenen Maniheist metinler, noktalama işaretleri bakımından Budist metinlere göre farklılık göstermektedir. Maniheist Uygur metinleri, Budist metinlere göre kısa ve oldukça yıpranmıştır. Hatta bazı fragmanlarda aşınmadan dolayı, sadece birkaç kelime okunabilmektedir. Bu sebeple Maniheist fragmanların hangi eserin parçası olduğunu tahmin etmek güçtür. Bunlar arasında en hacimli olanı, çeşitli kütüphane ve koleksiyonlarda yirmiden fazla nüshası muhafaza edilen Huastuanift adlı tövbe kitabıdır.