Maniheist metinlerin yazımında hem Mani hem de Uygur alfabesi kullanılmıştır. Budist metinlere göre daha güzel ve itinalı yazılıp minyatürlerle süslenen Maniheist metinler, noktalama işaretleri bakımından Budist metinlere göre farklılık göstermektedir. Maniheist Uygur metinleri, Budist metinlere göre kısa ve oldukça yıpranmıştır. Hatta bazı fragmanlarda aşınmadan dolayı, sadece birkaç kelime okunabilmektedir. Bu sebeple Maniheist fragmanların hangi eserin parçası olduğunu tahmin etmek güçtür.