Ötüken’den ayrılan Uygur Türkleri, beş farklı bölgeye göç etmişlerdir. Kansu Uygurları 1226 yılında Çengizlilerin hâkimiyeti altına girmiştir. Kansu’daki Uygur Türkleri, Beş Balık Uygurlarının aksine Budizme inanmışlardır. Kırgızlar, 840 yılında Uygur Bozkır Devleti’ne son vermişlerdir. 13. yüzyılın ortalarından itibaren Uygurlar tamamıyla Moğol hâkimiyeti altına girmekle birlikte kültürel varlıklarını 16/17. yüzyıla kadar devam ettirmişlerdir.