Danişmendliler döneminin önemli ilim merkezlerinden bir diğeri ise, Kuzey Mezopotamya ve Suriye’den Anadolu’ya açılan ticaret yolu üzerinde yer alan ve Anadolu’nun Türkler tarafından feth edilmesinden önce Süryanilerin elinde bulunan Malatya’dır. Özellikle, Anadolu Selçuklu Sultanı Gıyaseddin Keyhüsrev’in veziri Malatyalı Muhammed Gazi, Şeyh Ebu Tahir Ahmed-i İsfahanî gibi İran asıllı kişiler, Malatya’ya gelip yerleşmişler
ve burada ilmî ve kültürel faaliyetlerde bulunmuşlardır. Bu da, İran kültürü ile Süryanî kültürünün buluştuğu Malatya’ya, Sasaniler devrindeki ilmî ve fikrî hareketliliği yeniden
kazandırmıştır. Hatta İran millî kültürünün yeniden canlandığı Malatya, Selçuklular döneminde şehzadelerin eğitim görüp devlet idaresine hazırlandıkları bir merkez hâline gelmiştir. Nitekim I. Gıyaseddin Keyhüsrev ve oğlu I. İzzeddin Keykavus burada eğitim gören Anadolu Selçuklu sultanlarındandır. Burada var olan İran tesiri, Selçuklu sultanlarının eski İran şahlarının adlarını kullanmalarında ve çok iyi şekilde Farsça bilmelerinde
etkili olmuştur.