Kuruluş aşamasında, yapılanma ve örgütlenme yönünden Büyük Selçuklu medreselerinin örnek alındığı bu medreselerde, eğitim ve öğretim faaliyetleri iyi bir şekilde organize edilmiş ve eğitimin devletin kontrolüne girmesi sağlanmıştır. Hatta eğitim ve öğretim, oluşturulan fiziki mekân ve alt yapı, eğitim ve öğretim kadrosu ve öğretim programı standart bir yapıya kavuşturulmuştur. Bu tip medreselerin en eskisi Konya’da II. Kılıç Arslan zamanında yapılan ve İpekçi diye meşhur olan Şemseddin Ebu Said Altun Aba Medresesi’dir.