Kutadgu Bilig’in üç yazma nüshası vardır: Viyana (Herat) nüshası, Mısır nüshası ve Fergana nüshası. 1439’da Uygur harfleriyle kopyalanmış olan Herat nüshası bulunan ilk nüshadır. 15. yüzyılın ilk yarısında Herat ve Semerkant siyaset, kültür ve bilim merkezleriydi. Bu dönemde Türkler Arap harflerini kullanıyorlardı ama kimi eserleri Uygur harfleriyle kopyalıyorlardı. Uygur harflerine olan bu ilgi Batı Türklüğünü de etkilemiştir, Osmanlı saraylarında Uygur harfleriyle ilgilenen yazıcılar bulunmuştur. Şeyhzade Abdürrezzak Bahşı da bunlardan biriydi, Kutadgu Bilig’in Herat nüshasını Tokat’tan İstanbul’a getirtmiştir ancak eser hakkında herhangi bir şey yapılmamıştır. Bu nüshayı Avusturyalı doğu bilgini Joseph von Hammer-Purgstall, 18. yüzyılın sonlarına doğru bir sahaftan satın alarak Viyana’ya götürüp Viyana Sarayı Kitaplığına vermiştir.

Kutadgu Bilig’in Mısır nüshasının 1374’ten önceki bir tarihte İzzeddin Aydemir adına kopyalandığı düşünülmektedir. Arap harfleriyle yazılmış olan bu nüsha (5800 beyit), 1896’da Kahire’deki Hidiv Kütüphanesi müdürü Dr. Moritz tarafından bulunmuştur ve halen Kahire’deki Mısır Devlet Kütüphanesindedir.

Kutadgu Bilig’in üçüncü nüshası olan Fergana nüshasının 14. yüzyılın ilk yarısında Harezm coğrafyasında kopyalandığı tahmin edilmektedir. Bu nüsha da Arap harflidir, 1914 yılında Fergana’da Zeki Velidi Togan tarafından bulunmuş ve bir yazıyla bilim dünyasına tanıtılmıştır.