Çağatay Türkçesi eserlerinde p ünsüzü genellikle be, ç ünsüzü genellikle cim, g ünsüzü genellikle kef bazen de keşideli kef ile yazılmıştır. Bir geniz ünsüzü olan ñ sesi için genellikle nun ve kef harfleri kullanılmıştır. Ayrıca, Çağatay Türkçesinde kullanılan Arap alfabesinde ünsüzleri işaretlemek için yeteri kadar harf olmasına rağmen bazen iki farklı Türkçe ses için tek harfin kullanılması bir yazım özelliğidir. Örneğin, be harfi hem b hem de p sesi için; cim harfi hem c hem de ç sesi için kullanılmıştır.