Çağatay Türkçesi eserlerinde çokluk ifadesi için +lAr eki kullanılmaktadır. İlgi hâli için +nIñ eki, yükleme hâli için de +nI eki genelleşmiştir. Yönelme hâli eki +GA ötümsüz ünsüzle biten tabanlarda +KA şeklinde yaygınlaşmış ve iyelik ekli isimlere +A şeklinde de eklenmiştir. Bulunma hâli eki genel Türkçeden farklı değildir ve +DA şeklindedir. Ayrılma hâli için dar ünlülü +DIn kullanılmaktadır. Eşitlik hâli için +çA eki kullanılmıştır. Vasıta hâli için kullanılan +n ve +lA ekleri kalıplaşmış bazı sözlerde kalmış, bu hâl için yaygın olarak birle, bile, bilen çekim edatları kullanılmıştır.