XVI. yüzyılda Türkistan tarihinin akışını değiştiren gelişmeler oldu. Bunlardan en önemlisi Portekizlilerin Çin’den Hindistan’a ve Avrupa’ya uzanan deniz yollarını keşfetmeleriydi; keşifler Orta Asya’yı stratejik ve ticari öneminden yoksun bıraktı.

Avrupa mallarının istilası, Türkistan’ın bütün hayatını alt üst etti.

XVI. yüzyıldaki bir diğer olumsuz gelişme ise, İran’ın Şiileşmesiydi; bu durum Türkistanlıların Ortadoğu’daki Sünni İslam dünyası ile alakalarını engelledi ve dolayısıyla Türkistan’ın daha da soyutlanmasına yol açtı.