Sekonder baş ağrıları, sinir sistemini veya diğer sistemleri tutan hastalıklarla ilişkili olarak ortaya çıkan ikincil baş ağrılarıdır. Sekonder baş ağrıları denildiğinde altta yatan esas nedenlerin, beyinle ve santral sinir sistemiyle ilgili önemli durumların (beyin kanaması, travmatik beyin hasarı vb. gibi) akla gelmesi gerekir. Sekonder baş ağrılarından toplumda en sık karşılaşılanı, ilaç aşırı kullanımına bağlı baş ağrısıdır.