Medreselerde Kur’an, hadis, fıkıh gibi dinî (naklî) ilimlerin yanı sıra belagat, geometri, tıp, riyaziyat gibi aklî ilimler öğretiliyordu. Medreselerde eğitim Arapça ve Türkçe veriliyordu. Kaynaklar 17. yüzyıldan sonra medreselerde felsefe gibi derslerin verilmesinden vazgeçildiği, ilmiye sınıfında bozulmalar görülmeye başlandığı için medrese eğitiminin de bozulduğunu belirtmektedirler.